核心功能
AutoMD-GROMACS 是一套面向 GROMACS 的自动化分子动力学模拟工作流，专为 AI Agent 设计。包含 13 个层级化技能：基础层（setup/equilibration/production/analysis）、进阶层（freeenergy/umbrella/membrane/ligand）、扩展层（pca/workflow）及工具层（protein/utils/run）。采用三层渐进式架构（SKILL.md → SKILLS_INDEX.yaml → scripts + troubleshoot），实现从概览到可执行代码的无缝衔接。
显著优点
- 极致效率：通过结构化 YAML 和可执行脚本替代传统长文档，token 消耗从 15,000 降至 2,300，节省 84.7%
- 智能容错：内置 8+ 自动修复函数，减少人工干预
- 知识内嵌：90+ 手册知识点直接嵌入，无需外部查阅
- 真实验证：基于 LYSOZYME（38,376 原子）系统实测
- 生态完整：覆盖从蛋白准备到高级采样（伞形采样、自由能微扰）的全链条
潜在局限
- 依赖 GROMACS 2026.1+，旧版本兼容性需验证
- 复杂膜蛋白体系可能需要手动调参
- 自动修复无法覆盖所有边缘错误场景
- 自由能计算对力场参数敏感，需专业判断
适用人群
计算化学/生物信息学研究者、药物设计团队、MD 模拟初学者（降低技术门槛）、需要批量自动化模拟的实验室
风险提示
- B级（中等风险）：涉及分子模拟软件执行，可能产生大规模计算负载
- 需确保 GROMACS 许可证合规（GPL/LGPL）
- 科研结论需人工复核，不可直接作为论文依据